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Ion fluxes through nanopores and transmembrane channels

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Título Ion fluxes through nanopores and transmembrane channels
Autor Bordin, José Rafael
Diehl, Alexandre
Barbosa, Marcia Cristina Bernardes
Levin, Yan
Abstract We introduce an implicit solvent Molecular Dynamics approach for calculating ionic fluxes through narrow nanopores and transmembrane channels. The method relies on a dual-control-volume grand-canonical molecular dynamics (DCV-GCMD) simulation and the analytical solution for the electrostatic potential inside a cylindrical nanopore recently obtained by Levin [Europhys. Lett. 76, 163 (2006)]. The theory is used to calculate the ionic fluxes through an artificial transmembrane channel which mimics the antibacterial gramicidin A channel. Both current-voltage and current-concentration relations are calculated under various experimental conditions. We show that our results are comparable to the characteristics associated to the gramicidin A pore, especially the existence of two binding sites inside the pore and the observed saturation in the current-concentration profiles.
Contido em Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics. Vol. 85, no. 3 (Mar. 2012), 031914, 7 p.
Assunto Biofísica
Biomembranas
Fenômeno bioelétrico
Metodo de dinamica molecular
Microorganismos
Processos de transporte
Origem Estrangeiro
Tipo Artigo de periódico
URI http://hdl.handle.net/10183/101828
Arquivos Descrição Formato
000836641.pdf (292.7Kb) Texto completo (inglês) Adobe PDF Visualizar/abrir

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