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Investigação computacional da vitrificação da água de solvatação do DNA

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Investigação computacional da vitrificação da água de solvatação do DNA

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Título Investigação computacional da vitrificação da água de solvatação do DNA
Autor Gonzatti, Guilherme Kilpp
Orientador Netz, Paulo Augusto
Data 2012
Nível Mestrado
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Química.
Assunto Dinamica molecular
DNA
Métodos computacionais
Resumo Motivado por evidencias experimentais, foram realizadas extensivas simulações clássicas de dinâmica molecular de soluções aquosas de DNA visando investigar a transição vítrea. Estudou-se o dodecâmero de Dickerson solvatado por moléculas de água do modelo TIP5P e TIP3P em temperaturas de 300 à 240 K e de 300 à 200 K, respectivamente. Análise de propriedades dinâmicas e estruturais mostram que o modelo TIP3P não é capaz de transição vítrea, mas que sistemas compostos pelo modelo TIP5P é capaz de apresentar a transição vitrea dinâmica.
Abstract Motivated by experimental evidences, extensive classical molecular dynamics were performed to investigate de glass transition of aqueous solutions of DNA. The Dickerson dodecamer solvated by water molecules of models TIP3P and TIP5P were studied in the range of 300 to 240 K and 300 to 200 K, respectively. Analysis of dynamical and structural properties reveal that the model TIP3P is unable of performing glass transition, but systems with TIP5P can present dynamic glass transition.
Tipo Dissertação
URI http://hdl.handle.net/10183/131680
Arquivos Descrição Formato
000981787.pdf (5.361Mb) Texto completo Adobe PDF Visualizar/abrir

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