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Caracterização estrutural e conformacional do sulfato de condroitina através de simulações de dinâmica molecular

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Caracterização estrutural e conformacional do sulfato de condroitina através de simulações de dinâmica molecular

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Título Caracterização estrutural e conformacional do sulfato de condroitina através de simulações de dinâmica molecular
Autor Arantes, Pablo Ricardo
Orientador Verli, Hugo
Co-orientador Fernandes, Claudia Lemelle
Data 2011
Nível Graduação
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Faculdade de Farmácia. Curso de Farmácia.
Assunto Dinamica molecular
Sulfato de condroitina
Resumo Sulfato de condroitina (CS) é um glicosaminoglicano (GAG) composto por unidades dissacarídicas de N-acetilgalactosamina (GalNAc) e ácido glicurônico (GlcA). Estes resíduos podem ser encontrados conectados através de ligações β1→3 e β1→4. Podem ainda ser sulfatados nas posições 4 e 6 do resíduo GalNAc e na posição 2 do GlcA. O CS atua contribuindo para a resistência à tensão em cartilagens, tendões, ligamentos e na parede da aorta. Por outro lado, sua forma supersulfatada (OSCS) foi identificada como contaminante de heparinas comerciais, tendo sido relatada como causa de reações adversas e mortes em pacientes. Essa sulfatação química e específica no OSCS, nas posições 2 e 3 do resíduo GlcA e 4 e 6 do GalNAc, cria novas formas moleculares e, possivelmente, estados conformacionais, originando novos arcabouços para interação com receptores específicos, de forma patológica. Nesse contexto, o presente trabalho tem por objetivo caracterizar a influência da sulfatação na dinâmica conformacional do OSCS, incluindo todos os possíveis padrões de sulfatação relatados na literatura. O protocolo utilizado inclui: 1) construção de mapas de contorno relaxados para cada ligação glicosídica; 2) simulações por dinâmica molecular empregando o pacote GROMACS e o campo de força GROMOS96 43a1; 3) análise da influência da sulfatação na conformação dos OSCS estudados e sua potencial relação à toxicidade observada clinicamente. Tais procedimentos nos permitiram caracterizar ligação glicosídica β1→3 como apresentando maior rigidez no OSCS quando comparada ao CS encontrado na natureza. Em contrapartida, a ligação glicosídica β1→4 mostrou-se mais flexível no OSCS em relação ao CS natural, indicando que a sulfatação química é capaz de interferir na dinâmica do CS e, por conseguinte, nas formas disponíveis para interação com macromoléculas biológicas, o que potencialmente está relacionado a sua toxicidade como contaminante da heparina.
Tipo Trabalho de conclusão de graduação
URI http://hdl.handle.net/10183/142683
Arquivos Descrição Formato
000866450.pdf (3.906Mb) Texto completo Adobe PDF Visualizar/abrir

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