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Obtenção e análise de sequências similares a Tnt1 em espécies nativas de Petunia Juss.(Solanaceae)

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Obtenção e análise de sequências similares a Tnt1 em espécies nativas de Petunia Juss.(Solanaceae)

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Título Obtenção e análise de sequências similares a Tnt1 em espécies nativas de Petunia Juss.(Solanaceae)
Autor Kriedt, Raquel Athayde
Orientador Freitas, Loreta Brandao de
Data 2012
Nível Mestrado
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular.
Assunto Petunia juss.
Solanaceae
Resumo Elementos de transposição são caracterizados como segmentos de DNA capazes de mover-se no genoma em que estão inseridos. A diversidade e abundância desses elementos variam de espécie para espécie, sendo sua distribuição nem uniforme, nem aleatória. Com a grande quantidade de informações provenientes de projetos genoma, a busca de um sistema universal para classificação desses elementos é uma constante. Atualmente, elementos de transposição são divididos em duas classes, sendo os elementos da classe I, ou retrotransposons, divididos em cinco ordens. A ordem mais abundante em plantas é a dos LTR retrotransposons, no qual se insere a superfamília Ty1/Copia. Essa superfamília apresenta diversas famílias de elementos, dentre elas a família Tnt1. Tnt1 foi o primeiro elemento de transposição caracterizado na família Solanaceae, sendo um dos retrotransposons mais bem estudados em plantas. Originalmente isolado do genoma de Nicotiana tabacum, elementos similares a Tnt1 já foram encontrados em pimenta, berinjela, tomate, batata, e em petúnias de jardim. Dessa forma, o objetivo do presente trabalho foi caracterizar a diversidade dos retrotransposons com LTR do clado Tork da superfamília Copia, relacionados ao elemento Tnt1, em espécies nativas do gênero Petunia. Para tanto, sequências foram obtidas a partir de reação de PCR com primers já descritos na literatura, com posterior clonagem dos fragmentos obtidos, e sequenciamento dos clones. Um total de 148 sequências únicas foram obtidas de 21 taxa diferentes, incluindo três espécies de Calibrachoa e uma espécie de Fabiana, ambos os gêneros relacionados à Petunia. Análises de relacionamento entre as sequências sugerem a classificação dessas em dez diferentes famílias de retrotransposons com LTR do tipo Copia (RLC), muitas com baixa diferenciação entre as sequências de uma mesma família. Entre essas, uma família de sequências quase que exclusiva de taxa encontrados em substrato com baixa umidade. Para uma visão mais completa, representantes dos diferentes grupos de Tnt1, Retrolyc1, e Retrosol foram incluídos na análise. Foi possível observar que as sequências obtidas no presente trabalho não são compartilhadas entre os elementos dos demais gêneros incluídos. As diferentes sequências aqui obtidas possibilitaram estudos de relacionamento e diversidade, e abrem portas para a utilização desses elementos em estudos subsequentes nos gêneros em questão, assim como em outros gêneros relacionados, uma vez que a conservação de partes do elemento é bastante grande.
Abstract Transposable elements are characterized as segments of DNA capable of moving across different parts of the host genome. Diversity and abundance of these elements vary from species to species, and distribution within a genome is usually neither random nor uniform. The amount of information resulting from genome projects demands a universal system for transposable elements’ classification. Nowadays, these elements are classified into two classes, with class I elements, or retrotransposons, being divided into five orders. The most abundant order in plants is the LTR retrotransposons order, in which the Ty1/Copia superfamily is classified. Ty1/Copia presents several families, being the Tnt1 family one of them. Tnt1 was the first transposable element characterized in Solanaceae, being the most well known retrotransposon in plants. Originally isolated from Nicotiana tabacum, Tnt1-related elements have been reported in peppers, eggplant, tomato, potato, and petunias. Therefore, the aim of this work was to characterize the diversity of LTR retrotransposons from the Tork clade of the Copia superfamily, related to Tnt1 elements, in wild Petunia species. Thereunto, sequences were retrieved from PCR reactions with primers previously described, cloned into competent cells. A total of 148 unique sequences were obtained from 21 different taxa, including three Calibrachoa and one Fabiana species, both genera closely related to Petunia. Relationship analysis among sequences suggests their classification into ten families of retrotransposons with LTR from Copia superfamily (RLC), most of low sequence diversity within a family. Among all families, one clade of sequences presented almost exclusively sequences of taxa find under substrates of low humidity conditions. For a more complete view, Tnt1, Retrolyc1, and Retrosol representatives were included in the analysis. Sequences retrieved in the present work are not shared among elements of remaining genera included. The diversity of sequences obtained here made relationship and diversity studies possible, and may be used in further investigations of the genera here studied, as well as in other related genera, since there are conserved fragments along these elements.
Tipo Dissertação
URI http://hdl.handle.net/10183/142844
Arquivos Descrição Formato
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