Modelo em Excel para auxiliar na identificação de enterobacterales para usuários de provas bioquímicas manuais

Abstract

Os laboratórios de pequeno e de médio porte que não contam com métodos automatizados fazem a identificação de Enterobacterales através de testes bioquímicos manuais. O presente trabalho desenvolveu um modelo em planilha Excel para auxiliar na leitura da identificação bacteriana aos usuários deste perfil de metodologia. A planilha foi também organizada para fornecer as identificações em ordem de probabilidade. Sua validação foi feita através da comparação dos resultados obtidos com os métodos referência e MALDI-TOF MS, tendo como base um total de 38 amostras, das quais 34 (89,5%) apresentaram concordância de resultados com alto índice de probabilidade (superior a 90%). Dos isolados restantes, 04 apresentaram duas possibilidades de identificação bacteriana, o que foi verificado tanto no método clássico como na planilha Excel. Dentre tais amostras, 01 não apresentou o resultado dos testes esperado para sua espécie, enquanto as outras 03 apresentaram resultados de bioquimismo esperados para sua espécie, mas com percentuais abaixo de 90% no índice de probabilidade, possivelmente pelo baixo poder discriminatório dos próprios testes bioquímicos utilizados na rotina para a identificação de alguns gêneros de Enterobacterales. Em tais situações, a utilização da planilha Excel proporciona a vantagem de obter os percentuais de ocorrência de cada bactéria e, caso inconclusivos, recomendar a realização de mais testes ou a liberação do resultado apenas por gênero bacteriano. No conjunto de 34 amostras que apresentaram identidade com alto índice de probabilidade, 02 amostras de Escherichia coli (amostras 21 e 22) tiveram resultados pouco frequentes para a fermentação da lactose (negativa) e não foram identificadas pela metodologia referência, mas o foram corretamente pela planilha Excel. Em resumo, quando preenchida com os resultados esperados pela literatura, a planilha Excel apontou o microorganismo correto, o que demonstra que eventuais limitações verificadas decorrem de fatores externos a ela. Quando comparados os resultados da planilha Excel com aqueles identificados pelo MALDI-TOFMS, apenas 04 amostras (todas bactérias do mesmo gênero) apresentaram divergência, sendo identificadas pela tabela como Klebsiella oxytoca, enquanto por MALDI-TOF MS foi identificada como Klebsiella variicola, microorganismo este isolado recentemente somente pelos métodos genómicos, proteônicos ou moleculares.

Small and medium-sized laboratories that do not have automated methods identify Enterobacterales through manual biochemical tests. The present work developed a model in an Excel spreadsheet to help users of this methodology profile read the bacterial identification. The worksheet was also organized to provide identifications in order of probability. And its validation was performed by comparing the results obtained with the reference and MALDI-TOF-MS methods, based on a total of 38 isolates, of which 34 (89.5%) showed concordant results with a high probability index (greater than 90%). Of the remaining isolates, 04 presented two possibilities of bacterial identification, which was verified both in the classic method and in the Excel spreadsheet. One of the isolates did not present the expected test results for its species, while the other 03 presented expected biochemechal results for its species, but with percentages below 90% probability index, possibly due to the low discriminatory power of the biochemical tests used routinely to identify some Enterobacterales genera. In such situations, the use of an Excel spreadsheet provides the advantage of obtaining the percentages of occurrence of each bacterium and, if inconclusive, recommending further tests or reporting the result only by bacterial genus. In the set of 34 samples that presented identity with a high probability index, 02 samples of Escherichia coli (samples 21 and 22) had infrequent results for lactose fermentation (negative) and were not identified by the reference methodology, but were correctly identified by the Excel spreadsheet. In summary, when filled with the results expected by the literature, the Excel spreadsheet identified the correct microorganism, which demonstrates that any limitations that were encounteres were from external factors in relation to the spreadsheet. When comparing the results of the Excel spreadsheet with those indicated by the MALDI-TOF MS, only 04 isolates (all bacteria of the same genus) showed divergence, which were identified by the table as Klebsiella oxytoca, while they were identified by MALDI-TOF MS as Klebsiella variicola, a microorganism recently isolated only by genomic, proteonic or molecular methods.