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Estudo computacional da agregação de polipeptídios AgB8/1, AgB8/2, e AgB8/3.

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Estudo computacional da agregação de polipeptídios AgB8/1, AgB8/2, e AgB8/3.

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Título Estudo computacional da agregação de polipeptídios AgB8/1, AgB8/2, e AgB8/3.
Autor Duarte, Ueiler Lisoski
Orientador Stassen, Hubert Karl
Data 2011
Nível Graduação
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Química. Curso de Química: Bacharelado.
Assunto Dinamica molecular
Métodos computacionais
[en] AgB8 / 1
[en] AgB8 / 2
[en] AgB8 / 3
[en] Hydatid cyst
[en] Molecular dynamics
[en] Peptides
Resumo Neste trabalho investigou-se a agregação de três subunidades do Antigeno B que é um polipeptídio lipoproteico que é liberado no ciclo do parasita da doença conhecida como Hidatidose são elas: AgB8/1, AgB8/2, AgB8/3. O AgB interfere diretamente nas funções de sobrevivência hospedeiro-parasita e é produzido com freqüência durante o ciclo da doença. Não se sabe detalhes da sua função e estruturação, mas observou-se experimentalmente uma tendência muito forte de agregação das suas subunidades. Nesse trabalho, desenvolve-se um protocolo computacional com o intuito de observar a agregação dos AgB8/1, AgB8/2, e AgB8/3 formando homo e hetero-oligômeros. A análise desses agregados fornece dados esclarecendo como esses polipeptídios interagem. A agregação das subunidades representa um processo que envolve tempos longos quando comparado com eixos temporais característicos na fase condensada de poucos picosegundos. Para prolongar o eixo temporal no tratamento computacional, aplica-se a simulação por dinâmica molecular em nível de “coarse-graining”.
Abstract In this work we investigated the aggregation of three subunits of the Antigen B which is a lipoprotein that is released in the disease cycle of the parasite known as Hydatidosis.They are: AgB8 / 1, AgB8 / 2, AgB8 / 3. The AgB interferes directly in the functions of host-parasite survival and is often produced during the course of the disease. Its function and structure are unknown, but it has seen observed experimentally a very strong tendency of aggregation between its subunits. In this work, we develop a computational protocol to observe the aggregation of AgB8 / 1, AgB8 / 2, and AgB8 / 3 forming homo-and hetero-oligomers. The analysis of these aggregates provides data clarifying how these polypeptides interact. The aggregation of subunits represents a process that involves long times compared with typical temporal axis in the condensed phase of a few picoseconds. To extend the time axis in the computational treatment, we applied in molecular dynamics simulation at the level of "coarse-graining".
Tipo Trabalho de conclusão de graduação
URI http://hdl.handle.net/10183/37344
Arquivos Descrição Formato
000821421.pdf (3.524Mb) Texto completo Adobe PDF Visualizar/abrir

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