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Cliques consensuais em redes de co-expressão gênica em estudos de transcriptoma relacionados ao diabetes do tipo 2

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Cliques consensuais em redes de co-expressão gênica em estudos de transcriptoma relacionados ao diabetes do tipo 2

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Título Cliques consensuais em redes de co-expressão gênica em estudos de transcriptoma relacionados ao diabetes do tipo 2
Autor Mendes, Marcus Fabiano de Almeida
Orientador Bonatto, Diego
Co-orientador Alves, Ronnie Cley de Oliveira
Data 2011
Nível Graduação
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Curso de Ciências Biológicas: Bacharelado.
Assunto Bioinformática
Diabetes mellitus tipo 2
Resumo Diabetes tipo 2 (DT2) é a forma mais comum de diabetes. Milhões de pessoas são diagnosticadas com este tipo de diabetes anualmente, e esta taxa esta em ascensão. Neste projeto, foi desenvolvido um modelo de meta-analise utilizando dados de transcriptomas de quatro estudos, previamente selecionados, para inferir potenciais módulos (cliques) consensuais em redes de co-expressão gênica relacionados ao DT2. Uma elucidação dos genes regulatórios desta doença e suas ligações irão prover um melhor entendimento da topologia destas redes gênicas e suas funções na progressão e tratamento desta doença. Neste trabalho foram utilizados fundamentos como mineração de grafos, e métricas para identificação de agrupamentos e associações para detectar os módulos gênicos mais significativos ao DT2. Para cada módulo detectado foi feita uma analise de enriquecimento funcional direcionando anotações relevantes para caracterização dos módulos de forma local (intra-estudo) e global (inter-estudo). Espera-se que os cliques consensuais possam delimitar potenciais marcadores gênicos para futuras observações em estudos clínicos. Os estudos de transcriptoma foram obtidos via os bancos de dados de expressão gênica Gene Expression Ominibus (GEO) e Array Express, e para modelagem computacional foi utilizada a linguagem R. Com esta técnica, foram encontrados nos módulos diversos genes relevantes para a DT2, comprovando assim a eficiência da metodologia.
Tipo Trabalho de conclusão de graduação
URI http://hdl.handle.net/10183/49244
Arquivos Descrição Formato
000835305.pdf (847.2Kb) Texto completo Adobe PDF Visualizar/abrir

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