Repositório Digital

A- A A+

Análise das características genéticas da região V3 e do tropismo pelos co-receptores CCR5 e CXCR4 do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 subtipos B, C e recombinantes BC através de ferramentas genotípicas

.

Análise das características genéticas da região V3 e do tropismo pelos co-receptores CCR5 e CXCR4 do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 subtipos B, C e recombinantes BC através de ferramentas genotípicas

Mostrar registro completo

Estatísticas

Título Análise das características genéticas da região V3 e do tropismo pelos co-receptores CCR5 e CXCR4 do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 subtipos B, C e recombinantes BC através de ferramentas genotípicas
Autor Vanni, Andréa Cristina
Orientador Chies, Jose Artur Bogo
Data 2011
Nível Mestrado
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular.
Assunto Genética humana
HIV
Resumo Este estudo analisou as características genéticas da região V3 e o uso de coreceptores dos subtipos de HIV-1 mais prevalentes no Rio Grande do Sul através de ferramentas genotípicas. Amostras de plasma de 105 pacientes infectados com os subtipos B (35), C (35) ou recombinantes BC (35) com base na sequência do gene pol foram selecionadas. Após nested PCR, a região V3 do gene env foi sequenciada e o tropismo foi determinado através das ferramentas genotípicas Geno2pheno_coreceptor 10%, WebPSSM e R5/X4-Pred. Um total de 90 amostras foram eficientemente amplificadas e sequenciadas. A análise do subtipo da região do gene env identificou 37 B e 53 C. A maior proporção de cepas X4 entre o subtipo B foi 16,2% (predita pela Geno2pheno10%) e entre o subtipo C foi 32,1% (predita pela WebPSSMSI/NSI(C)). A prevalência de cepas X4 em infecções recentes foi 18,7%, sendo identificadas exclusivamente no subtipo C. A análise da região V3 revelou diferenças e similaridades entre as sequências do subtipo B e C. Para ambos os subtipos o comprimento da alça V3 se mostrou conservado, sendo que a pequena variabilidade observada foi associada com uso de CXCR4. A perda do sítio de Nglicosilação foi raramente observada e não foi relacionada com o tropismo viral. Carga total aumentada e a presença de aminoácidos básicos nas posições 11/25 foram associadas ao uso de CXCR4 apenas no subtipo B. Entre as cepas do subtipo B, os tetrâmeros observados foram GPGR (43,2%), GWGR (16,2%), GFGR (16,2%) e APGR (13,5%). O tetrâmero GPGQ esteve presente em 84,9% dos isolados do subtipo C e o tetrâmero GPGR foi associado com o uso de CXCR4 nesse subtipo. Estes resultados reforçam prévias observações de diferenças subtipo-específicas no uso de co-receptores pelo HIV-1 e corrobora os relatos de evolução do HIV-1 subtipo C para uso de CXCR4.
Abstract This study analized the genetic characteristics of the V3 region and the co-receptor usage of the main HIV-1 subtypes from Rio Grande do Sul through genotypic tools. Plasma samples from 105 patients known to be infected with subtypes B (35), C (35) or BC (35) recombinants based on pol sequences were selected. After nested PCR, the V3 region of env gene was sequenced and the tropism inferred using the genotypic tools Geno2pheno_coreceptor 10%, WebPSSM and R5/X4-Pred. A total of 90 samples were successfully amplified and sequenced. Subtyping analyses of env gene identified 37 B and 53 C. The higher X4 strains proportions among subtype B was 16.2% (predicted by Geno2pheno10%) and among subtype C was 32.1% (predicted by WebPSSMSI/NSI(C)). X4 prevalence in recent seroconverters was 18.7%, being exclusively identified in subtype C. Analysis of the V3 region revealed both differences and similarities among subtype B and C sequences. Both subtypes showed a conserved V3 length and the small variability observed was associated with CXCR4 usage. Loss of the N-glycosylation site was rarely observed and did not correlate to viral tropism. Increased net charge and basic amino acids at positions 11/25 were associated to CXCR4 usage only in subtype B isolates. Among subtype B strains, the tetramers observed were GPGR (43.2%), GWGR (16.2%), GFGR (16.2%) and APGR (13.5%). The tetramer GPGQ was present in 84.9% of subtype C sequences and the GPGR motif was associated with CXCR4 usage in subtype C. These finds reinforce previous observations of subtype-specific differences in HIV-1 co-receptor usage and corroborate reports of evolution of subtype C viruses for CXCR4 usage.
Tipo Dissertação
URI http://hdl.handle.net/10183/49271
Arquivos Descrição Formato
000821811.pdf (1.582Mb) Texto completo Adobe PDF Visualizar/abrir

Este item está licenciado na Creative Commons License

Este item aparece na(s) seguinte(s) coleção(ões)


Mostrar registro completo

Percorrer



  • O autor é titular dos direitos autorais dos documentos disponíveis neste repositório e é vedada, nos termos da lei, a comercialização de qualquer espécie sem sua autorização prévia.
    Projeto gráfico elaborado pelo Caixola - Clube de Criação Fabico/UFRGS Powered by DSpace software, Version 1.8.1.