Identificação de pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis através de PCR-RFLP do gene recA

Abstract

Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis foi proposta como o principal agente causal da canela preta da batata (Solanum tuberosum) no Brasil. Com o objetivo de identificar essa subespécie, oligonucleotídeos iniciadores foram selecionados a partir de regiões heterólogas do gene recA existentes entre P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA- 41 e outras pectobactérias disponíveis no GenBank e P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1. No entanto, os oligonucleotídeos iniciadores apresentaram baixa especificidade. O produto da PCR do gene recA, um fragmento de ± 730 pb, de 38 estirpes de P. chrysanthemi e das diferentes subespécies de P. carotovorum, foi digerido com as endonucleases de restrição TasI e HhaI. Estas enzimas foram selecionadas com base na seqüência do gene recA das estirpes P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-416 (581 pb) e P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1 (626 pb). A análise do PCRRFLP com as enzimas TasI e HhaI gerou sete e 12 padrões, respectivamente. A combinação dos resultados permitiu a separação em 13 grupos distintos e a discriminação de P. carotovorum subsp. brasiliensis.

Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis has been proposed to be the major causal agent of blackleg of potato (Solanum tuberosum) in Brazil. In order to identify this subspecies, primers were selected from heterologous regions of recA genes present in P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-41, P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1, and other DNA sequences of pectobacteria available in the GenBank. These primers, however, showed low specificity. The recA gene PCR product, a DNA fragment of ± 730 bp, from 38 strains of P. chrysanthemi, subspecies of P. carotovorum, was digested with TasI and HhaI restriction enzymes. These enzymes were selected based on the sequences of recA gene from strains of P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-416 (581 pb) and P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1 (626 pb). The restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis with TasI and HhaI enzymes generated seven and 12 patterns, respectively. Analysis of the combined results allowed for the separation of 13 distinct groups and differentiation of P. carotovorum subsp.brasiliensis.