SARSCOVIDB - Banco de dados de infecção pelo SARS-CoV-2 : uma nova plataforma para analisar o impacto molecular da infecção pelo vírus da COVID-19

Abstract

A pandemia da COVID-19 provocada pelo novo coronavírus (SARS-COV-2) se tornou uma questão de emergência global para saúde pública devido a rápida propagação e elevado número de óbitos. Esta situação de urgência global levou a uma aceleração na pesquisa relacionada e, consequentemente, a um volume sem precedente de dados clínicos e experimentais, nos quais se incluem alterações de expressão gênica resultantes da infecção. O Banco de Dados da Infecção por SARS-COV-2 (SARSCOVIDB – https://sarscovidb.org/) foi criado para mitigar as dificuldades relacionadas a este cenário. O SARSCOVIDB é uma plataforma online que objetiva integrar todos os dados de expressão gênica diferencial, a nível de RNA mensageiro e proteína, acelerando a pesquisa sobre o impacto molecular da COVID-19. O banco de dados pode ser consultado a partir de diferentes perspectivas experimentais como as diferentes cepas virais utilizadas, hospedeiros, abordagens metodológicas (proteômica ou transcriptômica), genes/proteínas, tipo de amostra (clínica ou experimental). Todas estas informações foram retiradas de todos os 30 artigos de análise de expressão gênica diferencial relacionada cerca de 7000 artigos publicados até o momento e disponibilizados nas duas principais plataformas de busca, o PubMed e o Web of Science. O banco de dados apresenta 10534 genes identificados cuja expressão foi alterada devido a infecção por SARS-COV-2. Assim, o SARSCOVIDB é uma nova ferramenta para apoiar a comunidade científica no entendimento da patogênese e impacto molecular causado pelo SARS-COV-2.

The COVID-19 pandemic caused by the new coronavirus (SARS-COV-2) has become a global emergency issue for public health due to the rapid spread and high number of deaths. This global emergency led to an acceleration in related research and, consequently, to an unprecedented volume of clinical and experimental data, which includes changes in gene expression resulting from infection. The SARS-COV-2 Infection Database (SARSCOVIDB - https://sarscovidb.org/) was created to mitigate the difficulties related to this scenario. SARSCOVIDB is an online platform that aims to integrate all differential gene expression data, at the level of messenger RNA and protein, accelerating research on the molecular impact of COVID-19. The database can be consulted from different experimental perspectives such as the different viral strains used, hosts, methodological approaches (proteomics or transcriptomics), genes / proteins, type of sample (clinical or experimental). All this information was taken from all 30 articles of analysis of related differential gene expression 7000 published so far and made available on the two main search platforms, PubMed and Web of Science. The database features 10534 identified genes whose expression has been altered due to SARS-COV-2 infection. Thus, SARSCOVIDB is a new tool to support the scientific community in understanding the pathogenesis and molecular impact caused by SARS-COV-2.