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Quantificação da carga viral do HIV-1 no líquor : comparação entre os ensaios Abbott m2000rt e COBAS TaqMan v2.0

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Quantificação da carga viral do HIV-1 no líquor : comparação entre os ensaios Abbott m2000rt e COBAS TaqMan v2.0

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Título Quantificação da carga viral do HIV-1 no líquor : comparação entre os ensaios Abbott m2000rt e COBAS TaqMan v2.0
Autor Luz, Ana Júlia Bretanha
Orientador Sprinz, Eduardo
Data 2017
Nível Doutorado
Instituição Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Medicina: Ciências Médicas.
Assunto Carga viral
HIV
Líquido cefalorraquidiano
Reação em cadeia da polimerase em tempo real
Sistema nervoso central
[en] Abbott m2000rt HIV-1
[en] Central nervous systems
[en] Cerebrospinal fluid
[en] COBAS TaqMan HIV-1
[en] COBAS v2.0
[en] HIV
[en] M2000rt
[en] Version 2
[en] Viral load
Resumo Introdução A preocupação crescente com as possíveis consequências da replicação viral no sistema nervoso central mostra a necessidade da detecção do HIV no compartimento cerebral. O teste de PCR em tempo real desenvolvido pela Abbott, o Abbott m2000 RealTime HIV-1 (m2000rt), quantifica a carga viral do HIV em amostras de sangue com um procedimento efetivo e de baixo custo no nosso país, por isso é adotado como método padrão pelo Ministério da Saúde, mas não é utilizado em amostras de líquor. O ensaio produzido pela Roche, o COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0), é o método de PCR em tempo real que tem sido amplamente utilizado para detectar a carga viral do HIV no compartimento cerebral. No entanto, esse método ainda não foi validado para esse propósito e seu custo pode ser uma limitação em diversas regiões com baixos recursos. Objetivos Considerando que não há uma metodologia padronizada para essa situação específica (detecção do HIV no líquor), nós conduzimos esse estudo a fim comparar os desempenhos dos testes m2000rt e COBAS v2.0, na tentativa de propôr um método alternativo e com baixos custos ao mais utilizado nesse contexto (COBAS v2.0). Métodos O estudo foi realizado no período de maio de 2015 a julho de 2016. O cálculo do tamanho da amostra foi baseado em dados de um estudo piloto que revelaram ser necessário um número mínimo de 37 amostras, para detectar uma diferença de 0,20 log10 na carga viral, com um coeficiente de correlação de 0,979 e um poder de 90%. Essa equação permitiria uma perda de 10%. As amostras de líquor foram coletadas consecutivamente a partir de 37 pacientes HIV positivos atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre/RS. Os métodos foram processados de acordo com o proposto pelo fabricante para utilização com amostras de plasma. Pequenas modificações foram necessárias no teste em estudo (m2000rt) para neutralizar qualquer diferença metodológica e evitar vieses de mensuração: o congelamento das amostras foi realizado a -20ºC até o momento da análise. O ensaio COBAS v2.0 foi utilizado como referência, uma vez que é o método mais utilizado. Foram realizadas análises quantitativas com resultados que estavam dentro da faixa linear em ambos os métodos (n = 18). Para tornar os métodos comparáveis, adotou-se o limite de detecção do ensaio m2000rt para ambos (40 cp/mL ou 1,60 log10 cp/mL). Os resultados abaixo do limite de detecção foram apresentados como uma variável categórica, uma vez que não são quantificáveis. O coeficiente de correlação de Pearson foi utilizado para comparar os métodos. A normalidade das variáveis foi então resumida calculando o viés estimado pela diferença média "đ " e o desvio padrão das diferenças realizadas pelo teste t para amostras pareadas. Com base na falta de normalidade dos métodos, o grau de concordância dos resultados das cargas virais de HIV foi analisado pelo índice Kappa. Esse estudo foi aprovado pelo comitê de ética do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (RS)/ Brasil, registrado na Plataforma Brasil como sendo CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusão Em conclusão, o teste m2000rt que foi modificado para este ensaio mostrou boa concordância e correlação com o teste mais utilizado nesse contexto e pode ser considerado um método alternativo com resultados semelhantes ao COBAS v2.0 e baixos custos na quantificação da carga viral do HIV no líquor. Sugerimos, principalmente em locais onde este método está prontamente disponível com uma relação custo-benefício aceitável, que o exame m2000rt deva ser realizado.
Abstract Introduction Growing concern about possible consequences of viral replication in the central nervous system shows the need for HIV detection in the cerebral compartment. The real time PCR test developed by Abbott, Abbott RealTime m2000 HIV-1 (m2000rt) quantifies HIV viral load in blood samples effectively and with low costs Brazil. It is the standard method by the Brazilian Ministry of Health, but it has never been utilized to measure HIV in cerebrospinal fluid samples. The assay produced by Roche, COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0) is the real-time PCR method that has been widely used to detect HIV viral load in cerebral compartment. However, this method has not yet been validated for this purpose and its cost may be a limitation in several regions in the world with low resources. Objective Taking under consideration that there was no standard methodology for this specific situation (detecting HIV in cerebrospinal fluid), we conducted this study to compare the performances of the m2000rt and COBAS v2.0 assays, to propose an alternative and low-cost method to more used in this context (COBAS v2.0). Methods The study was conducted from May 2015 to July 2016. The sample size calculation was based on data from a pilot trial that revealed that a minimum of 37 samples would be needed to detect a difference of 0.20 log10 in viral load, with a correlation coefficient of 0.979 and a 90% power. This equation would allow a 10% lost. CSF samples were collected consecutively from 37 HIV-positive patients seen at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, RS. Methods were processed according to proposed by the manufacturer for utilization with plasma samples. Small modifications were necessary in the study test (m2000rt) to neutralize any methodological differences, thus avoiding measurement bias: the freezing of samples was carried out at -20ºC until the moment of the analysis. The COBAS v2.0 test was used as a reference since it is the most commonly used method. Quantitative analyzes were performed with results that were within the linear range in both methods (n=18). To make the methods comparable, the detection limit of the m2000rt assay for both (40 cp/mL or 1.60 log10 cp/mL) was adopted. The results below the limit of detection were presented as a categorical variable, since they are not quantifiable. The Pearson correlation coefficient was used to compare methods. The normality of the variables was then summarized calculating the estimated bias by the mean difference "đ" and standard deviation of the differences performed by t test for paired samples. Based on the lack of normality of the methods, the degree of agreement of the HIV viral load results was analyzed by the Kappa index. This study was approved by the Hospital de Clínicas of Porto Alegre (southern Brazil) Ethics Review Board, registered in the Brazil Platform as CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusion In conclusion, the m2000rt test that was modified for this trial showed good agreement and correlation with the most used test in this context and can be considered an alternative method with similar results to COBAS v2.0 and low costs in the HIV viral load quantification in cerebrospinal fluid. We suggest, especially in places where this method is readily available with an acceptable cost-benefit ratio, that the m2000rt exam should be performed.
Tipo Tese
URI http://hdl.handle.net/10183/159589
Arquivos Descrição Formato
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